La capilla que ocupan el Señor de la Caridad y su Bendita Madre en nuestra sede es la capilla del sagrario.
Se encuentra en el ábside de la Epístola (derecha), cuyo centro lo ocupa el Sagrario en el que se reserva la Eucaristía, centro de la vida cristiana en torno al cual gira el Universo entero. ¡Cómo no postrarse ante Él!
El Sagrario es de plata repujada y está concebido a modo de templete clásico, con un sector central compuesto por cuatro columnas sobre pedestales. Está cubierto por una bóveda semiesférica, rematada por una cruz. Esta bóveda va ornada con la representación del Agnus Dei y guirnaldas florales. Lo más destacado es la puerta, de medio punto; en la parte superior de la misma contemplamos una cartela oval en cuya base se sitúa un ramo de espigas y racimos de uvas, elaborados con sumo detalle. En el sector inferior de la puerta se representa el Ave Fénix, abriéndose el pecho con el pico, motivo éste de gran raigambre eucarística: Cristo nos da a comer su propia carne.
Se deduce por la inscripción que aparece que su autor fue M. Aguilar en el año 1799. Es una pieza neoclásica.
La forma poligonal del ábside de la capilla se cubre con un retablo dorado, de mediados del siglo XVIII, que acoge a El Señor de la Caridad, nuestro bello Crucificado manierista, en madera policromada. Fue donado al antiguo hospital de la Caridad en el año 1614, ubicado en la plaza del Potro y origen de la actual cofradía. Se trata de la Imagen más antigua del templo. Es una imagen de tamaño mayor al natural, con un excelente tratamiento anatómico y de complexión fuerte y atlética. Tras el cierre del hospital, pasó a la Iglesia. La obra pudo ser realizada a finales del siglo XVI o primeros del XVII. Lo acompaña la imagen de Nuestra Dolorosa, de talla completa de Diego de Mora, realizada hacia el 1671, que también procesiona junto a Él el Jueves Santo.
En las entrecalles del retablo aparecen las esculturas de San Clara de Asís, a la izquierda, fundadora de las clarisas, y su hermana Santa Inés, a la derecha, quien siguió a Santa Clara en el seguimiento de Cristo. Ambas de reducidas dimensiones, fueron realizadas en el último tercio del siglo XVII.
A ambos lados del retablo hay sendos lienzos de Antonio del Castillo que representan a San Francisco en la Porciúncula (a la derecha) y a San Francisco ante el Papa Honorio III (a la izquierda).
En el primero de ellos aparece San Francisco, arrodillado en las gradas de un altar y en el ángulo inferior izquierdo de la composición. El santo dirige la mirada hacia las alturas, lugar en el que se hallan emplazados la Virgen y Jesús. Como mediador entre la divina pareja y San Francisco apreciamos a un diminuto angelillo en vuelo, que mira fijamente al santo. En la escena podemos establecer dos planos: el terrestre, donde se sitúa San Francisco; y el plano celeste, donde se encuentran la Virgen y Jesús, como surgiendo de un nido de nubes y acompañados por un grupo de angelitos. La pequeñez de las figuras no influye para que estén plasmados con trazo seguro y perfecto; los rostros son totalmente expresivos, denotándose una compenetración entre los distintos personajes. El tratamiento de los paños es muy natural y acertado y se contrapone con la posición un tanto rígida de las figuras, nota que se hace patente en San Francisco, al tiempo que se combina con la inestabilidad. La obra es tenebrista, sobre todo en su mitad inferior, donde sólo observamos algo de luz en torno al rostro del santo; sin embargo, en el sector superior la tonalidad se hace mucho más clara, puesto que es el lugar donde nace la luz y de donde surge un rayo que se dirige al encuentro del fraile. Así mismo, hemos de destacar la minuciosidad y detallismo con que están trabajados los angelitos, que se agitan entre las nubes portando ramos de flores en sus manos. Estas figurillas son unos de los mejores ejemplos de niños que Antonio del Castillo realizó. A su vez, creemos que la figura arrodillada de San Francisco, con las manos extendidas, puede estar inspirada en un dibujo muy similar de Murillo. Esta obra fue realizada hacia los años de 1650, para la iglesia de San Nicolás y San Eulogio de la Ajerquía, al igual que el otro lienzo compañero.
La composición del segundo lienzo de Antonio del Castillo se puede dividir en dos sectores con sus respectivas escenas: en el sector superior se representa a San Francisco dirigiéndose verbalmente a altas autoridades eclesiásticas. La figura principal aparece flanqueada por el papa Honorio III y otras dignidades eclesiásticas. Fue Honorio III quien aprobó la regla de vida de los “frailes menores” el 29 de noviembre de 1223 y posteriormente aprobó la indulgencia para todos aquellos que peregrinaran a la Porciúncula. Al fondo y en un segundo plano de profundidad, divisamos a otra serie de figuras, apenas perceptibles. En la escena inferior se nos plasma un grupo de figuras pertenecientes al pueblo llano, que dirigen su mirada hacia la composición superior y parecen escuchar atentamente al santo. En primera línea contemplamos a un personaje desnudo, sentado sobre un pedestal y con la cabeza apoyada en la mano, adoptando una aptitud pensativa; en este hombre vemos el gran trabajo anatómico que Antonio del Castillo solía reflejar en sus representaciones de cuerpos desnudos. El resto de los personajes no ofrece más atractivo que el cuidado tratamiento de sus trajes. Hemos de resaltar, igualmente, la ternura y delicadeza que el pintor supo reflejar en los dos niños situados en el ángulo inferior izquierdo de la escena. Los rostros son muy reales y su naturalidad es tanta que parece que el autor usó modelos escogidos del pueblo, de la gente sencilla que le rodeaba. El trabajo de las telas es magnífico. En el plano de tierra y en el sector izquierdo de la composición, se aprecian algunos niños junto a dos ancianos y un hombre de mediana edad. El lienzo es pobre en luminosidad; en la escena superior sólo se muestra iluminado el Papa, vestido de blanco, y en la inferior, los rostros de los personajes del primer plano.
Además, más hacia afuera, podemos observar dos lienzos de Acisclo Antonio Palomino, firmados y fechados en 1709: El Salvador (a la izquierda), en el que aparece Jesús resucitado con la Eucaristía en su mano izquierda y con la derecha en actitud de bendecir; y la Virgen Niña con Santa Ana y San Joaquín (a la derecha). 
En este segundo lienzo se aprecia como todos los personajes están en comunión entre ellos: Santa Ana mira hacia al cielo, donde se produce un rompimiento de gloria apareciendo el Espíritu Santo en forma de paloma; San Joaquín mira a la Virgen Niña en actitud de oración, ataviada con túnica blanca sobre la que se deja ver un paño azul, signo de su inmaculada concepción y pureza.
Siguiendo por la pared de la derecha de la capilla hacia afuera nos encontramos con un lienzo que representa a San Francisco con el Niño Jesús en sus brazos y una cruz encima de una calavera, apoyada sobre un libro, en la zona inferior derecha del óleo. Es una obra anónima del siglo XVII, copia de una de Murillo. Es común representar a San Francisco con el Niño Jesús en sus brazos, por toda su devoción a la Encarnación del Señor, siendo él quien representó el primer Nacimiento en Greccio.
A su derecha podemos admirar el lienzo de La incredulidad de Santo Tomás que, aunque está atribuida a José de Sarabia, por su estilo pensamos que puede estar más en la línea de Andrés de Sarabia. Esta obra nos narra cómo este santo, dudando de la resurrección de Cristo, introdujo sus dedos en las heridas recibidas por Jesús en su martirio. Está fechado hacia el siglo XVII.